La piccola piastrina rettangolare sopra il supporto è il substrato.

Una volta preparato, viene trasportato attraverso il modulo di trasferimento dalla camera di preparazione all'interno della camera di deposizione.

All'interno di questa, vengono cresciuti sul substrato strati molecolari diversi, a seconda del dispositivo che si vuol fare.

Durante la deposizione, il substrato adsorbe le molecole del fascio e le ordina sulla superficie seguendo la sua stessa struttura cristallina.